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Comme beaucoup des comptines populaires d'aujourd'hui, la comptine Frère Jacques est en fait assez ancienne. Bien que Frère Jacques ait été traduite en plusieurs langues, elle reste connue dans le monde entier sous le nom français et de nombreux enfants non francophones ont toujours les paroles originales en mémoire.
Il existe un certain nombre de théories sur l'origine des paroles de la chanson. La théorie la plus populaire est que la chanson a été écrite à propos du Frère Jacques de Beaulieu. Si son association avec la chanson a contribué à préserver son propre héritage, aucune preuve historique ne vient étayer cette théorie, d'autant que Beaulieu est décédé bien avant la première publication de la comptine. D'autres théories ont avancé un motif politique derrière les paroles, suggérant qu'elles étaient destinées à se moquer de diverses factions politiques, mais ces théories manquent également de preuves.
La Bibliothèque nationale de France possède un manuscrit rare du compositeur Jean-Philippe Rameau qui contient la mélodie de Frère Jacques. Beaucoup considèrent donc qu'il est à l'origine de la chanson. Rameau est décédé en 1764, mais la première version de Frère Jacques n'a été publiée que plus tard au 18e siècle. La mélodie était intacte, mais il n'y avait pas de paroles et la pièce s'intitulait "Frère Blaise". La chanson n'a pas été publiée sous le nom de Frère Jacques avec ses paroles actuelles avant 1860.